Đầu năm 1953, theo sắc lệnh số 134-SL của Chủ tịch Nước, khu Tây Bắc được thành lập đặt trụ sở tại Yên Bái, bao gồm bốn tính: Sơn La - Lai Châu - Lào Cai - Nghĩa Lộ (nay tỉnh Yên Bái) và theo đó là sự ra đời của các Ban - Ngành, trong đó có Sở Y tế Khu, ở mỗi tỉnh có Ty y tế của tỉnh.
Để hình thành cơ cấu tổ chức y tế của khu và các tỉnh trong khu, Bộ y tế đã tăng cường Bác sĩ Đỗ Đạo Tiềm làm Giám Đốc Sở Y tế khu, y sỹ Lê Cương làm Trưởng ty Y tế Sơn La, Y sỹ Đặng Ngọc Quỳnh làm Trưởng ty Y tế Lai Châu, Y sỹ Lý Văn Bình làm trưởng ty Y tế Yên Bái, Y sỹ Vũ Quốc Bảo làm Trưởng ty Y tế Lào Cai.
Thời gian nayfm số lượng cán bộ y tế tại các tỉnh vô cùng hạn chế, mỗi tỉnh chỉ có 4 đến 5 y sỹ và y tá làm việc tại tỉnh lỵ, còn các châu (huyện) và nhất là các xã hầunhư không có cán bộ y tế, cơ sở trắng. Nhu cầu về nhân lực y tế tại Khu rất cao để điều trị, điều dưỡng cho thương, bệnh binh tại các vùng còn chiến tranh, chữa bệnh và phòng chống dịch bệnh cho người dân tại các vùng giải phóng.
Từ yêu cầu cấp bách đó, đến tháng 8/1953, Sở Y tế khu Tây Bắc đã mở một lớp y tá 06 tháng. Lớp được đặt tại xã Minh Bão (Yên Bái) gồm 40 học sinh, do Y sỹ Nguyễn Lược phụ trách. Sau khi tốt nghiệp, các y tá được phân công về công tác tại các châu, một số đi phục vụ Chiến dịch Điện Biên Phủ.
Ngày 07/5/1955, Khu tự trị Thái _ Mèo được thành lập trên cơ sở Khu Tây Bắc cũ nhưng có sự phân chia đi lại địa giới (Khu chỉ còn hai tỉnh Sơn La, Lai Châu và 03 châu cảu Lào Cai, Yên Bái là Văn Chấn, Phong Thổ, Than Uyên). Trung tâm hành chính Khu được đặt tại thị trấn Thuận Châu - Sơn La hiện nay.
Tuy đã được giải phóng, nhưng nguồn nhân lực y tế để phục vụ cho công tác khám chữa bệnh vẫn thiếu trầm trọng, cả Khu chỉ có khoảng 50 - 60 cán bộ y tế, mỗi châu chỉ có 1 đến 2 y tá vừa làm phụ trách vừa là người trực tiếp làm việc. Ngay sau này Sở Y tế Khu đi vào hoạt động, Ủy ban hành chính khu đã chỉ đạo mở một lớp y tá để kịp thời bổ sung nhân lực. Lớp do Y sỹ Đặng Ngọc Quỳnh và Nguyễn Minh Tường phụ trách, đặt tại bản Huông - Thị trấn Thuận Châu (cạnh hồ Thuận Châu), lớp học trong thời gian 06 tháng, đến đầu năm 1956 lớp thi tốt nghiệp ra trường. Các y tá sau khi tốt nghiệp được phân công về bệnh viện Khu, Bệnh viện các châu và các đội y tế lưu động.
Từ năm 1956 đến 1958, Sở Y tế Khu tự trị Thái - Mèo đã đào tạo bổ túc kiến thức để cấp bằng y tá cho các cứ thương của Công trường 111 - Lai Châu chuyển về, bồi dưỡng kiến thức cho các bà đỡ ở địa phương.
Giai đoạn này mặc dù đã hình thành các lớp đào tạo y tá, bà đỡ để phục vụ cho chiến dịch Điện Biên Phủ, phục vụ nhu cầu thực tế của Khu và các tỉnh,các châu, nhưng việc chiêu sinh không liên tục (lớp này tốt nghiệp mới chiêu sinh lớp tiếp theo hoặc chiêu sinh theo nhu cầu thực tế tại địa phương), các giáo viên giảng dạy chủ yếu là các Y sỹ công tác tại Sở Y tế Khu hoặc y sỹcông tác tại các ty Y tế đảm nhiệm, cơ cấu tổ chức của trường chưa rõ ràng nhưng đây chính là những tiền đề rất quan trọng cho sự ra đời của Trường Cao đẳng Y tế Sơn La sau này.
II. Các giai đoạn lịch sử của Trường Cao đẳng y tế Sơn La:1. Giai đoạn từ 1959 đến 1961: Thành lập Trường Y sỹ Khu tự trị Thái - Mèo:Từ năm 1959, công tác đào tạo nhân lực y tế của Khu tự trị Thái - Méo lại có bước phát triển mới: Lớp y tá khóa 4 được chiêu sinh và học trong 06 tháng thi được tách thành 2 lớp: một số được tiếp tục cho hết chương trình y tá 9 tháng thì ra trường công tác, số còn lại gồm 20 học sinh nữ được tách ra đào tạo thành y tá - nữ hộ sinh với thời gian đào tạo một năm, trong đó có 3 tháng đi thực tập tay nghề sản khoa ở các bệnh viện ngoại tỉnh.
Nhằm chuẩn bị cho việc đào tạo hệ trung cấp sau này, bên cạnh các lớp Y tá - Cô đỡ, các lớp bổ túc văn hóa cũng bắt đầu được chiêu sinh mà đối tượng là con em các dân tộc ít người và một số cán bộ y tá chưa đủ trình độ văn hóa cấp II, cấp III.
Số lượng cán bộ y tế của Khu và các châu đã được bổ sung thêm so với giai đoạn trước (Số học sinh các lớp y tá, nữ hộ sinh do Sở Y tế Khu chỉ đạo chiêu sinh đã tốt nghiệp về công tác), tuy nhiên mới cáo trình độ y tá và dược tá, chưa đủ đáp ứng yêu cầu thực tế của việc khám, điều trị cho nhân dân. Sau chuyến thăm và nói chuyện của Chủ tịch Hồ Chính Minh với đồng bào và nhân dân các dân tộc Tây Bắc tại Thuận Châu (ngày 07/5/1959), thực hiện lời căn dặng của Bác, ngày 28/11/1959, Ủy ban hành chính Khu tự trị Thái - Mèo (là tiền thân của Trường Cao đẳng Y tế Sơn La ngày nay).
Ngày mới thành lập trường chỉ có những lớp học và phòng làm việc bằng tre, lợp vỏ tranh, thưng vách bằng phên loi, năm cạnh Bệnh viện Khu (bản Huông, thị trấn Thuận Châu - Khuôn viên của Bệnh viện Đa khoa Thuận Châu hiện nay). Ủy ban hành chính khu cử Bác sĩ Lưu Văn Hoát làm Hiệu trưởng nhà trường, các giáo viên giảng dạy chuyên môn chủ yếu là các Bác sĩ, dược sĩ, Y sỹ đang công tác tại Bệnh viện Khu đảm nhiệm.
Sau khi thành lập, trường Y sỹ khu tự trị Thái - Mèo đã được Bộ Y tế cho phép chiêu sinh các lớp y sỹ đầu tiên: Lớp Y sỹ bổ túc 6 (theo số thứ tự khóa học của Bộ Y tế) là hệ bổ túc từ y tá lên gồm 30 học viên (một số y tá được Sở Y tế Khu Tây Bắc đào tạo năm 1953, mốt số y tá được Sở y tế Khu tự trị Thái - Mèo đào tạo năm 1955 và một số y tá nguyên là cứu thương miền Nam), lớp vừa học bổ túc văn hóa cấp II vừa học chuyên môn; Lớp Y sỹ I Tây Nguyên gồm 20 học sinh là con em các dân tộc Tây Nguyên do Ủy ban Thống Nhất gửi đào tạo để chuẩn bị cán bộ cho Tây Nguyên sau này và một số con em Tây Bắc gửi học cùng. Sau 2 năm học tập, cuối năm 1961, lớp Y sỹ bổ túc 6 thi tốt nghiệp ra trường, bổ sung lực lượng cho Bệnh viện Khu và Bệnh viện các tỉnh.
2. Giai đoạn 1961 - 1968: bệnh viên - Trường Y tế Khu tự trị Thái - Mèo:Đầu năm 1961, trường chiêu sinh lớp Dược tá đầu tiên (học sinh là nhân viên y tế của các tỉnh trong khu có trình độ văn hóa từ lớp 4 đến lớp 7, lớp do Dược sỹ Nguyễn Kỳ Minh Phượng phụ trách, lớp thi tốt nghiệp tại trường địa điểm Thuận châu). Cũng trong thời điểm nay, bác sĩ Lưu Văn Hoát có quyết định đi học nước ngoài, Ủy ban hành chính Khu đã giao Bác sĩ Hoàng Tá Sơn - Giám đốc bệnh viên kiêm nhiệm Hiệu trưởng nhà trường, Trường và Bệnh viện Khu được sáp nhập lấy tên là Bệnh viện - Trường Y tế khu tự trị Thái - Mèo.
Theo chủ trương chuyển thủ phủ Khu từ Thuận Châu về thị xã Sơn La, đến cuối năm 1961, Bệnh viện - Trường hoàn thành việc di chuyển về thị xã Sơn La, khối chuyên môn được đặt ở bản Hẹo, thị xã Sơn La (khuôn viên của Sở Giáo dục - Đào tạo hiện nay), khối văn hóa chuyển về bản Cọ (phân hiệu văn hóa do đồng chí Vũ Huy Liệu phụ trách). Về địa điểm mới, Nhà trường tiếp túc đào tạo và chiêu sinh mới các lớp y sĩ, duy trì việc dạy chuyên môn và bổ túc văn hóa cho học sinh.